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NIR蛍光色素は、NIR領域（750～2500nm）に吸収を有するため、ナイトビジョン、不可視材料、レーザー印刷、太陽電池などの分野で広く使用されています。
生物学的イメージングに使用される場合、近赤外の吸収/発光波長、優れた水溶性、低い生体毒性、特定の組織または細胞の標的化、良好な細胞透過性などを備えています。
代表的な種類は、シアニン色素、BODIPY、ローダミン、カルボキシル、およびポルフィリンです。